Na de aansluiting bij de Mariaparochie houdt de Emmausparochie op te bestaan. Dat bestaan duurde maar zo’n 15 jaar, want de Emmausparochie ontstond pas in 1999 uit een fusie tussen de drie voormalige parochies in ’s-Hertogenbosch - west: de Annaparochie, de parochie Onze Lieve Vrouw van Altijddurende Bijstand en de parochie Maria-Geboorte.
De Annaparochie in Deuteren was het oudst; ze werd in 1936 opgericht en toegewezen aan de paters Maristen. In de vijftiger jaren volgde in Boschveld de OLV van Altijddurende Bijstand, bediend door paters Redemptoristen, en toen ’s-Hertogenbosch sterk uitbreidde naar het westen werd de parochie Maria Geboorte opgericht en kwamen de paters Assumptionisten in West.
Na een uitvoerige en intensieve voorbereiding zijn in 1999 deze drie parochies samengegaan onder de naam Emmausparochie. De twee andere kerken werden gesloten en alle vieringen vonden van toen af plaats in de enige kerk die nog in gebruik is, de Sint Annakerk.

De oorspronkelijke Annakerk was gesitueerd op de plaats waar nu de personeelsparkeergarage van het Jeroen-Boschziekenhuis staat. Toen uitbreidingsplannen voor ‘West’ gerealiseerd werden, stond ze erg excentrisch en daarom werd in 1964 een noodkerk op de Oude Vlijmenseweg in gebruik genomen.
In 1972 werd de huidige Annakerk gebouwd onder bouwpastoor Toon Nieuwlands. Architect was H.Koldewey, de zoon van de architect van de oorspronkelijke Annakerk. Op 8 januari 1972 werd ze ingewijd door monseigneur Bluyssen. Als gedenksteen werd een natuurstenen plaat ingemetseld met de tekst: “Laat Uw kerk kennen aan het vuur der liefde als weleer.”
Om álle parochianen van de nieuwe parochie zich te laten thuis voelen in hun nieuwe kerk werd de Annakerk in de loop van het jaar 2000 geheel gerenoveerd. Er werden een parochiecentrum en een stiltekapel aangebouwd naar een ontwerp van Nico Arens en ingericht met medewerking van religieus vormgever Pim van Dijck.Bezienswaardigheden zijn:

Het retabel uit 1923, ontworpen door kapelaan Windhausen en uitgevoerd door A. van Bokhoven. Het is door de Redemptoristen meegenomen uit de Jozefkerk naar de OLV van A.B. en na de fusie in de Annakerk terechtgekomen.
Het Mariabeeld in de stiltekapel is van de hand van Gerard Héman, die ook de prachtige kerststal vervaardigde.
Twee oude beelden uit de eerste kerk aan de Vlijmenseweg, voorstellend Sint Anna-ten-Drieën en een zittende Sint Jozef met het kind Jezus, beide van de hand van Mari Andriessen, zijn verhuisd naar het kerkelijk museum in Uden.
De parochie telde ongeveer 11.000 parochianen en was verdeeld in vier wijken: Boschveld, Deuteren, Schutskamp en Kruiskamp.

In de H. Annakerk West zijn er ook diensten voor de Filipijnse gemeenschap en de Antilliaanse gemeenschap.